Além da contagem total de placas: aplicações metagenômicas para processadores de carne e aves

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As instalações comerciais de processamento de carne ou aves de hoje são uma rede complexa de equipamentos, automação, interação humana e múltiplos processos/caminhos. Esses componentes trabalham juntos para fabricar com eficiência uma carcaça em vários cortes primários, subprimais e de acabamento para serem usados ​​em processamento posterior. Aqui, eles podem ser embalados crus ou posteriormente processados ​​em itens de carne prontos para consumo (RTE). Em sua essência, esse fluxo de trabalho tem sido bem-sucedido há milhares de anos ao ser capaz de criar uma ampla variedade de cortes individuais de carne e itens de carne processados, como salsicha, o que foi observado já na Odisséia de Homero, escrita há aproximadamente 10.000 anos. .

Embora os processos tenham mudado e tecnologia avançada tenha sido incorporada, uma constante ao longo da evolução da indústria da carne tem sido a contribuição de um microbioma biologicamente diverso. Este microbioma pode conter milhares de espécies diferentes de bactérias, vírus e fungos que vivem juntos como uma comunidade e residem no animal, no ambiente de processamento e nas superfícies da carne. A presença de bactérias específicas na comunidade microbiana pode ter efeitos positivos e negativos na segurança e salubridade da carne produzida. O prazo de validade de produtos de carne fresca e processada é fortemente influenciado pela proliferação de espécies bacterianas selecionadas no microbioma da carne sob condições ambientais, o que pode resultar em características indesejáveis ​​do produto e numa experiência pouco favorável para o consumidor. Além disso, um foco crítico da indústria de carne e aves tem sido a eliminação de patógenos específicos de origem alimentar no microbioma do animal, no ambiente vegetal e, em última análise, na carne que é comprada pelo consumidor.

Os processadores de carne e aves possuem diversas ferramentas para compreender o contexto da ecologia microbiana em toda a cadeia de abastecimento do campo ao prato. As técnicas baseadas em cultura têm sido utilizadas pela indústria há décadas e continuam a ser uma ferramenta importante para obter uma boa compreensão da carga microbiana e da presença de patógenos selecionados. No entanto, os avanços no sequenciamento de próxima geração permitiram uma compreensão dos habitantes microbianos que compõem o microbioma de uma forma que as técnicas baseadas em cultura são limitadas.

Quando recebem uma caixa de ferramentas cheia de ferramentas, os processadores precisam ser capazes de determinar qual ferramenta se aplica melhor à questão de pesquisa que está sendo feita. Além disso, os processadores de carne e aves não têm orçamentos de investigação ilimitados para poderem responder a estas questões. Uma abordagem estratégica e cuidadosa para o objetivo geral do teste pode permitir que os processadores selecionem a ferramenta mais apropriada para o trabalho. O objetivo deste artigo é fornecer uma visão ampla de duas técnicas genômicas e aplicações potenciais para seu uso por processadores de carne e aves.

Albert Einstein disse a famosa frase:"Se eu tivesse uma hora para resolver um problema e minha vida dependesse da solução, eu gastaria os primeiros 55 minutos determinando a pergunta adequada a ser feita... pois assim que eu souber a pergunta adequada, posso resolver o problema em menos de cinco minutos. "

Esta abordagem certamente se aplica aos processadores de carne e aves, à medida que eles começam a estabelecer o que precisa ser aprendido através dos testes. Esta é também a parte do processo que tende a receber menos atenção quando os processadores enfrentam uma crise e as respostas são necessárias rapidamente. Ter a disciplina para definir claramente a questão da pesquisa permite que os processadores determinem o objetivo geral dos testes e ajudará a evitar a armadilha de "testar por testar", que muitas vezes é caro e exige muito trabalho tanto para a planta quanto para o laboratório , e às vezes não responde adequadamente à pergunta. Uma vez estabelecida a questão de pesquisa, um desenho de teste eficiente e métodos apropriados podem ser aplicados para responder à questão.